Появление самого первого здания высшей судебной власти Уфимской губернии, а, ныне - Верховного суда Республики Башкортостан связано с проведением судебной реформы 1864 года. Место для здания было выбрано рядом с губернаторским домом, где находилось и губернское управление. К моменту начала функционирования – 1 января 1894 года здание было уже готово, и суд разместился в нем.
Это было небольшое двухэтажное кирпичное здание с печным отоплением. Однако вскоре, - в 1898 году в Уфимской губернии был введен суд присяжных заседателей, которому требовался для работы институт присяжных поверенных. Все это потребовало дополнительной служебной площади. К зданию был дополнен двухэтажный пристрой примерно такой же площади. Его сооружение было закончено перед Первой мировой войной.
В таком виде здание суда встретило Октябрьский переворот 1917 года и гражданскую войну. После эвакуации из Уфы окружного суда в нем действовали революционные трибуналы новой власти. Затем, после окончания гражданской войны, сюда же поселилась высшая судебная власть Башкирской Автономной республики.
В 2004-2005 годах вновь возникла необходимость в расширении, правое крыло здания было достроено до трех этажей и здание обрело свой нынешний вид – трехэтажный.
Однако строительство третьего этажа в здании на улице Матросова не решило проблему с дефицитом рабочих помещений – их продолжало катастрофически не хватать.
Учитывая создавшееся положение, было принято решение о передаче Верховному суду Республики Башкортостан шестиэтажного здания на улице Пушкина, 88. Работы по его реконструкции были завершены к концу 2008 года и в настоящее время в нем размещается судебная коллегия по уголовным делам Верховного суда Республики Башкортостан.